随着一系列鼓励企业科技创新政策的相继出台，启东一大批企业以高校、科研单位为依托，组建工程技术研究中心：江苏海四达集团有限公司组建了江苏省新动力电池及材料工程技术研究中心，搭建了氢镍电池用氢氧化亚镍生产中试、锂离子电池用正极材料生产中试等平台，先后承担了国家创新基金项目、江苏省科技成果转化项目等8个科研项目；江苏林洋新能源有限公司组建了江苏省太阳能电池及应用工程技术研究中心，将研究成果运用在光伏生产企业、光伏发电系统、建筑业系统转化等领域，从而带动了硅材料等整个光伏产业链的调整、优化、升级和相关产业的发展。目前，启东市共有省级工程技术研究中心21家、南通市级工程技术研究中心51家。

由于企业自主创新能力不断增强，促进了启东市高新技术企业队伍不断发展壮大。高新技术企业已经发展到252家。在一批高新技术企业引领下，启东以太阳能光伏电池、镍氢电池、锂离子电池以及风能发电等为主的新能源产业，以多用途船、集装箱船、散货轮等为主的高技术船舶产业，以电子式电能表、半导体材料、电脑附件等为主的电子信息产业蓄势而发。

今年以来，启东市已经完成产学研合作签约项目120个，高新技术企业中的专利产品已有10多个被列入省以上各类科技计划项目。今年上半年，全市实现高新技术产业产值160.84亿元，同比增长44.28%，占规模工业的比例达36.6%，全市高新技术产业投入38.97亿元，同比增长15.8%，占规模工业的比例达38.3%。